障害者の体調不良を理由とする試用期間延長について

アルバイトとして働いていたところから、障害者雇用の契約社員(まずは3ヶ月)として本社異動となりました。
本社異動して約3ヶ月した頃、試用期間延長・次の3ヶ月間で体調不良になる事が多ければ試用期間満了により契約解除であると言われました。
(本採用になったとしても契約社員であることには変わりは無いのですが、契約解除のされやすさに違いがあるようです。)
まず、アルバイト時代の雇用契約書には確かに試用期間があることが書かれていましたが、障害者雇用になってからの雇用契約書には試用期間という言葉はどこにも記載がありません。
就業規則に準ずるというような記載はあるものの、就業規則は雇用契約書にサインをしてから見れるもののため全くわかりません。
そのことを伝えても、雇用契約書になぜ書いてないかはわからないが試用期間は確実にあると言われました。
また、体調不良になる事が多いと言っても、3ヶ月の間に障害による体調不良での早退が2日です。環境が変わったことで休ませてもらうことはありましたが、アルバイト時代に残しておいた有給休暇を利用して6日休んだことは評価の考慮には含まれていないそうです。
これだけで考えると勤怠率は悪いとは言えないと話すと、本来合理的配慮であると聞いていた業務調整・臨時面談も体調不良と見なしましたと後から言われました。
納得は行かなかったものの、それを主張し、さらに臨時面談が増えることは避けたかったためにわかりましたと伝えてしまい、後日新たに3ヶ月の雇用契約書にサインをしたらものには、急に試用期間延長の記載が入っていました。1つ前の雇用契約書には試用期間の文字は一切無かったのに次の雇用契約書には試用期間延長なんて違法にはならないのですか？
障害者雇用なのに体調不良が多いことを理由に契約解除・試用期間延長は差別にあたいしないのですか？

別件ではありますが、評価制度が変わる説明会で1番低いランクの方の月給を時給換算したら最低賃金未満になっていることに気づき伝えたときには、計算していなかったと言われました。
こういうこともあったため、契約関連も違法なことにはならないか心配だと伝えたときには、法務チームがきちんといるし、賃金が実際に変わる夏前にはちゃんとした物に変えられるし大丈夫とのことでした。
大丈夫になるのは私が伝えたからなのであり、法務チームとの連携もどうなっているのか謎ですし、計算もせずに評価制度が変わる説明会を行い参加者である障害者から指摘されるまで最低賃金未満の月給を払うつもりでいた会社なので不信感でいっぱいです。

ただ、人自体は優しく、理念も好きなので働き続けたくはあります。
でも会社にはきちんとしてほしいので教えていただきたいです。
よろしくお願い致します。