予期せぬトラブル

かなりややこしい話なのですが、、、
私は、現時点では有期契約社員（契約満了日12/31）です。
私傷病の入院治療ため7/1から休職中です。
休職前の診察で治療期間は6ヶ月くらいと言われていたので、会社ではそう話していました。休職前の最終出社日に、総務担当者から依頼されたので休職申請書を日付のみ空欄にして氏名等記入押印し渡しました。
入院後、会社に提出するため主治医から診断書をもらいましたら「就労不可期間は8ヶ月」となっていました。治療期間は6ヶ月ですがその後の検査や経過観察、自宅療養で2ヶ月くらいかかるとの見込みでした。会社の総務担当者にメールで連絡しましたら、渡していた休職申請書に8/1～12/31まで5ヶ月間と記入し7/26付けで本社人事に提出済みとのことでした。（7月いっぱいは有休を使用しました）主治医の診断で就労不可期間が8ヶ月である旨を伝え、すぐ診断書を送付しました。
8/1に本社人事から、親会社から休職の承認を得た旨メールで連絡がきました。その時、文面には日時等は記載されていませんでしたが、何の疑いも持ちませんでした。
その後11/12にメールでいきなり本社人事から「契約不更新」の通達が届きました。私は12/31を以って契約満了とのことです。上司に説明を求めましたら、私が休職していても周りの社員で何とか私の分の仕事をこなしているので人員削減で私は不要だと親会社で判断されたそうです。上司は私の復職を望んでいるそうで本社人事と何度も話し合いをしたそうですが親会社が決定したことなのでどうにもならないと言われたそうです。
そこで、上司と本社人事から私に、有期契約から無期契約に転換することを提案されました。そうすれば12/31の契約満了も取り消されるはずで、そうするしかないようなので11/12付けで無期転換申請書を提出し有期契約満了後の1/1から無期契約になりました。
私も上司も本社人事もこれで大丈夫と安心していました。ところが、親会社が11/16付で就業規則を変更し、無期契約者の休職に関する条文が追加されたと上司から連絡がありました。
それによると、無期契約者の場合10日間の欠勤後に休職となり、無期転換後の勤続年数により休職期間が設定され、無期になったばかりの私の休職期間は0.5ヶ月しかないということでした。
上司も本社人事も私にはこれが適用されると言い、今年の有給残と新規付与される有給の合計が19日あるので、1月はまずその有給を使用しその後10日間の欠勤、そして休職にするようにして何とか復職まで繋ごうということでした。
私も最初はそうするしかないと思い承諾しましたが、よく考えると、8ヶ月の診断書を提出したのに何故そのまま休職では駄目なのか疑問でしたので本社人事に
問い合わせましたら、私の休職期間は12/31までで、1月から無期契約になるので改訂された就業規則が適用されるとのことでした。
しかしやはり下記2点について納得出来ません。
①8ヶ月の診断書を提出した後、問い合わせも等もなく、親会社からの承認が得られた旨だけ連絡されたので、私が8ヶ月の休暇承認を得たものと思っていても当然のはず。
②無期契約に転換するしかない状況だったのでそうしたら、その後一方的に就業規則を変更された。変更後の就業規則が監督署に提出されたのか、全員に周知されたのかは不明です。（私は上司から、変更された旨を聞いたときにメールでもらいました）

②については、労働契約法の就業規則の不利益変更を主張すれば何とかなると思いますが、①についてはどうでしょう？適用される法律などがあれば強く主張できると思うのですが、、、何かありますでしょうか？どうか教えて下さい。

いろいろ確認してみますと、総務担当者は8ヶ月の診断書をちゃんと本社人事に送付したそうで、どうも本社人事でストップしていたようです。処理ミスなのか忘れただけなのか他の何かなのか分かりません。本社人事が親会社に提出して承認を得たのは最初に提出した12/31まで5ヶ月間の休職申請書で、後から提出した診断書の8ヶ月には訂正されていないようです。確かに、私もちゃんと訂正されたか確認すべきだったと思いますが、、、
本社人事にいくら話しても受け入れてもらえません。

12/7に退院し現在自宅療養中です。体調はいいので主治医の許可があればすぐにでも復職したいと思っています。しかしやはり復職は2月中旬以降になりそうです。言われるがまま有給を使い切って欠勤→休職とし3/1までに復帰すればいいのかもしれませんが、本来なら8ヶ月の休職で何の問題もなかったはずなのに、有給を使用しないといけないことにも納得いきません。今後の通院等のためにも有給は残しておきたいです。
また、もしどうにもならずこのまま泣き寝入りしたとしても気がおさまりませんので、例えば、8ヶ月の診断書を親会社に提出しなかった本社人事担当者に損害賠償を請求できるのでしょうか？
また、入院治療中でかなり辛いのに、このようなゴタゴタになってしまって余計に苦痛を受けたことに対して慰謝料など請求できるのでしょうか？
他にも法的に何か対処法などありましたら教えて下さい。
本当に困っています。助けて下さい。
どうかよろしくお願い致します。