残業手当について

主人の職場のことで2点ほど疑問が出てきたので相談させていただきます。

主人はとある飲食系チェーン店で正社員として働いています。
1日約10時間、休憩は1時間半~2時間とまばらなようです。
ただし、飲食店ですので定時に上がれないことはままあります。
と言うか定時で上がれたことはほぼありません。

そこでまず1点目です。
主人の職場では食事補助として正社員はメニューの中から好きなものを食べられるようになっています。
なので仕事上がり、少しお腹がすいていたので…と打刻をし、帰る準備を済ませてからサイドメニューを食べて帰ってくることがあります。

その際、食べ終わってからキッチンを覗いて｢お疲れさまです｣と言うと、｢○○くん！いいところに！！｣と忙しくなっていたのかまだしばらく仕事をして欲しいと頼まれることがよくあるそうです。

ただしその時、再度打刻は出来ないそうです。
最近では20時上がり予定でも23時くらいに仕事が終わっているようで。
その3時間(食事時間があるので2時間半とか？)の残業代を支払わないというのは構わないことなのでしょうか。

続いて2点目です。
主人の職場では月に一度、月末に棚卸があります。
また、時々オーナーの指示により中間棚卸と言って、臨時で月の真ん中あたりで棚卸することもあります。
棚卸を除いた終業時刻は25時。

閉店作業まで終わらせてその時間だそうです。
ですが、その段階で退勤の打刻をし、そのあと棚卸が始まります。
棚卸が終わるのは早い時で28時半、遅いと29時過ぎです。
25時の段階で打刻してしまっているので、棚卸は全てサービス残業となっているようです。


まだ主人も私も21歳のため、経験や知識不足によりどう行動するのが正解かよくわかっていません。
また、来年頭に第1子出産予定なので主人が体調を崩すのも心配ですし、出来る限り金銭的余裕を持っておきたいところですが職場との関係も良好に保っておきたいというのが本音です。

こういう場合、どう対策を取れば良いのでしょうか？
教えて頂けると幸いです。