労働時間と賃金計算の合法・非合法

会社の労働時間の設定が、合法的なものなのか否かと、賃金の計算方法についての質問です。

勤務地は東京都。正社員。基本給18万5千円
完全週休2日（月9休制　有給以外の休暇無し）、労働時間8時間30分+休憩時間+残業時間です。

入社後2年経つ会社なのですが、労働時間が不明瞭です。
給与明細に記載されている毎月の所定労働時間が、28日の月も31日の月も一律184時間になっています。（年間の所定労働時間が2208時間）
勤め先は、特例事業に当て嵌まる会社だとは思うのですが、雇用契約書には週44時間上限等の記述は無く、就業規則も一度も見た事がありません。又、同意や説明も受けてないので、実際に導入しているのかは不明です。

更に、残業代を算出する際、基本時給の計算に「所定労働時間184時間」が使われている為、「18万5千÷184時間=¥1005」となり、東京都の最低賃金を下回っています。
基本給の他、社員皆一律3万円の住宅手当が出ているのですが、一律支給にも関わらず、残業代計算に含まれていません。
会社に確認した所、「東京じゃありえないけれど、あくまで上限が3万であり、家賃が3万未満ならば手当も3万未満になる。結果として一律になっているだけで、実際は一律じゃない。」との事でした。（全国展開している様な台詞ですが、南関東にしか店舗はありません。）
又、この手当は入社前には交通費としての支給との事でしたが、入社後何故か住宅手当に変更されていました。証拠がありませんが、入社式での説明では、3万未満でも全額支払うと口頭で説明をうけました。


それを踏まえて質問が有ります。
1:週44時間の特例は従業員への説明無しに導入できるor既に導入していた場合は説明不要なのでしょうか？
2:28日の月も31日の月も、所定労働時間184とする事ができるのでしょうか？
3:残業代の計算時、東京都の最低賃金¥1013を下回っても、×1.25した時に¥1013を下回らなければ問題がないのか？
4:実質一律となっているのに、上記理由で一律じゃないと突っ撥ねる事はできるのでしょうか？

尚、タイムカードや雇用契約書等を証拠として労働基準監督署に通報した所、会社と話し合った担当者から、労働時間や最低賃金を含め、違法性はないとの回答でした。
唯、担当者が20代前半程の若い方であり、提出した資料をなくしたり、相談内容を把握していなかったりと当初から不安を覚えており、
会社との話し合いの場でも、私の勤先の代表取締役、経理担当、弁護士2名の4人からかなり言い返され、こちらに八つ当たりしてくるような方だったので、その回答に納得がいきません。
本当に違法性はないのでしょうか？
簡単で結構ですので、仕組みも踏まえご教授下さい。