税理士の言っている事は正しいのでしょうか？

2年前、知人が企業をする時に出資をしましたが会社法を守らない点がいくつもありました。
先日、こちらからの提案で臨時株主総会が開かれましたが税理士の言われた事に納得がいかなかった為ご相談いたします。

約2年前、知人（Aさんとします）が解雇されそれを機会に起業をしたいとの相談がありました。
その時、私と父の2人が50万円ずつ出資を行いました。
『Aさんもいくらか出資をして資本金200～300万円にしてAさんが筆頭株主になるのが良いですよね』という事を伝え定款等のひな型が出来たらまた相談しましょうと言う事になりました。

数日後、Aさんが定款のひな型の用紙を持参してきました。
私と父は『内容を確認して、おかしな所があったら修正しておきますので後日また相談しましょう。』と話をしその日は別れました。

その日の晩、定款のひな型を確認したところ
・事業内容が75個（日本で行えるほとんど全てと思われる事業が全て記載）
・資本金が100万円になっている（私と父の出したお金のみの金額）
・発起人がAさん一人になっている（私と父の名前が入っていない）
等、様々な問題点がありました。
次の日、Aさんに間違い点の修正を依頼した所『もう、司法書士が法務局に出してしまいました。修正できません。』との事を言われました。

その後、定期株主総会が行われることも無いまま1年が過ぎた頃従業員から『社長の奥さんから命令されて困る。奥さんが役員だから文句も言えない。』等の話を聞きました。
驚いて今年の1月、Aさんに最新の定款（履歴事項全部証明書）のコピーをもらった所取締役に奥さんの名前が入っていました。
また、昨年の2月に定款（履歴事項全部証明書）の変更が行われておりBさんが取締役として追加されていました。

取締役の追加・役員報酬・事業とは関係無い物の購入等、2年間一度も株主総会を開くことも無く行われていた為臨時株主総会の開催を提案し先日行われました。

前もって議決内容を書面でAさんに提出をしていました。
議決内容を順にAさんに質問を行おうとする度税理士とBさんが横から口をはさみAさんは下を向いて全く口を開こうとしませんでした。
父が『定款に記載されている内容が、会社法を守っていない。』等を発言した所
税理士が『日本にある中小企業のほとんどが会社法を守らずに運営している。　Aさんは会社法を知らないのだから会社法を守らなくてもいい。　定款の発起人にあなたたちを入れる必要もない。』等のことを言われました。

私が『Aさんが勝手に定款を提出したり、取締役を追加している。』と言った所Aさんが急に『勝手になんかしていない！！』等怒鳴りちらし話にならず臨時株主総会は中止となりました。

税理士が言われる様に、中小企業のほとんどは会社法を守っていないのでしょうか？
定款の発起人の欄に出資者の記載を行わなくて良いのでしょうか？
また、税理士に対しての懲戒請求を行うことは出来ないのでしょうか？

以上、ご確認よろしくお願い致します。