残業代が支払われる支払われないの問題

このたび、残業手当の件でご相談させていただきます。
私は、ホームセンターに勤めていて、その中で「住宅リフォーム」という部署で
働いております。役職としては、主任となっています。
ちなみに、私のいる部署は、工事を承る部署ということもあって、他の部署とは
違い、１年単位の変形労働制が採用されていて、時間外労働できる時間としては、
１ヶ月あたり４２時間、１年間では３２０時間とされています。また、主任という
役職から会社側からは管理職者になると言われ、役職手当が支給されています。
このところ、社内で残業代が出る・出ないで社内から不満がでてきている状況です。
それは、これまで会社の就業規則に法った形であったと思われますが、残業代が出て
いたものが、今年の４月になってから、会社側から「役職手当を支給された管理職者
は、残業手当は支給されません。但し、上長の命令による特別な残業（棚卸し等）の
場合は、残業手当が支給されます。したがって、係長、主任、ブロック長は、特別な
場合を除いて時間外手当は支給されません」という通告がありました。
当社の上長の命令による特別な場合とは、実際には毎月２０日締めの日の棚卸の時で
しか残業代が出ない形で、その他の特別な場合というのは現時点では無い状況。
よって私も主任ということで、棚卸以外は残業代が出ないということになっています。
そこで、少し納得がいかないこともあって、同じ部署の上司（部長）にこの件で相談
をしました。上長が残業を認める特別な場合は棚卸の日以外にはないのか？というこ
とや、私が最近、リフォーム工事契約のため、就業時間外でお客様と打合せした際、
残業としての時間が３時間となったが、そういった理由であっても残業として認めら
れないのか？と質問しましたが、現時点ではそれも残業と認められないとのこと。
普段からも、特に上司の命令があったわけではないものの、自分の仕事量や売上げを
上げるための結果として残業をしていることが結構あるのですが、そういったことも
聞き入られません。役職手当が支給されていることで、残業代が出ないという言い回
しもあったので、会社側で言う管理職といっても、実際は名ばかり管理職であって、
法律上の管理監督者ではないことははっきりしており、その点も指摘してみました。
また、仮にこちら側からも歩み寄って、残業代が役職手当に含まれるというのであれ
ば、その手当分を超えて残業した場合に超えた分だけでも残業代が出ないのか？とい
うことも話をしてみましたが、いろいろと論議はあるが、当社幹部の当時の監査役（現
相談役）が決めたことで、申し訳ないが現時点ではどうすることもできないという回
答です。
念のため、当社の就業規則及び給与規程を確認しました。関連する手当の項目を抜粋
しますと、就業規則の中の「時間外勤務手当」において、但し書きで、「時間外勤務は
上長の命令・所定の手続きによる申請・承認を得たものでなければならない。」とあり
ます。給与規程の中からは、「時間外勤務手当」において、「時間外勤務手当は、正規
の就業時間を超えて勤務することを命ぜられ、その勤務に服した社員に支給する。
但し、役職手当支給者には支給しない」となっています。
また、同給与規程の中の「役職手当」においては、「役職手当が支給される者は、部門
責任者手当、販売残務手当は支給されない。但し、特別な場合の残業には上長の命令
によって係長、主任、ブロック長には残業手当が支給される」となっています。
これらの決まり事から、要約しますと、やはり先に述べた会社側からの通告の通り、
役職手当を支給された者は、残業代は支給されない。但し、特別な場合の残業には、
上長の承認によって残業手当が支給されるとはなっているようです。
しかし、なぜ、役職手当をもらっている人が残業代をもらえないのか、ということの
説明や理由がはっきりされておらず、人件費を削減しようとするための会社側に都合
の良い一方的な決まり（それも後だしジャンケンのような形）のように感じます。
また、役職手当に残業代が含まれているというのであれば、そういったことの記載も
ありませんし、ましてや役職手当の額が残業時間の何時間分が含まれていることも何
も記載がありません。
さらに、他の準社員という人たちは、「販売残務手当」というものが支給されており、
その販売残務手当の中に時間外勤務手当が含まれると記載があるようなのですが、
やはり、その手当のうち残業時間が何時間分含まれているのかが不明（口頭では
あなたは何時間の残業時間を超えないと残業代が出ないよと告げられるような形）
です。そして、ある準社員の人に聞いた話では、販売残務手当をもらっているのは
いいが、残業時間が少ない月は、その調整分（おそらく、先程の販売残務手当でみて
いる残業時間分に満たない分）としていくらかが給与から引かれていたと話を聞いた
こともあります。この件もどうかと思います。
今後、繁忙期を迎えることで、仕事上でどうしても残業する機会も増えてくるわけ
ですが、本来ならば残業代がもらえるかもしれないのに、サービス残業で終わってし
まうようであれば、不本意に感じますし、仕事する上でも士気が下がります。
そこで、これまで話してきたことを踏まえて、会社側に何か問題はないのか？違法性
はないのか？ということを、教えていただければ助かります。
何卒、ご回答の程、宜しくお願い致します。